O que dá a cor aos peixes são os grânulos de pigmentos coloridos existentes nas células cromatóforos.

    Os pigmentos responsáveis pelas cores são:

- Branco: guanina.

- Laranja, Amarelo e Vermelho: caroteno.

- Preto: melanina.

- Verde e Azul: resultam de um efeito ótico, ou seja, a luz refletida pelo peixe dá uma falsa impressão de cor. Isso chama-se reflexão.


Na época da reprodução, dependendo da espécie, as cores ficam mais realçadas nos peixes, especialmente nos machos, e voltam ao normal no final do período reprodutivo. 

Os pigmentos podem migrar para o centro das células quando os peixes estão estressados ou doentes, reduzindo drasticamente a cor. Esta mobilidade de pigmentos é controlada por um hormônio chamado de intermedina. Algumas lojas aplicam um produto parecido com tinta nos peixes para que fiquem mais coloridos, e com o tempo eles vão desbotando.